Lo stemma comunale conserva tracce indelebili della passata rilevanza del paese: la mitra indicativa del potere religioso, il bastone pastorale simbolo della dignità vescovile concessa all'abate e la spada che testimonia il potere civile-giudiziario. La storia di Morimondo è legata indissolubilmente all'abbazia. I monaci francesi che giunsero da Morimond si stabilirono inizialmente nell'attuale frazione di Coronate. Arrivati il 10 ottobre 1134 i religiosi ribattezzarono la frazione con il nome di Morimondo, due anni dopo, però, si spostarono nell'adiacente località di Faruciola, poi Morimondo Nuovo, dove iniziarono i lavori di bonifica e di costruzione dell'abbazia.
Dalla sua nascita, soprattutto grazie all'edificio cistercense, Morimondo ebbe un periodo florido in cui molti "potenti" concesserono diversi privilegi. Chi mostrò maggior magnanimità nei confronti dell'ordine religioso fu sicuramente Federico I detto il "Barbarossa". L'imperatore tedesco concesse agli ecclesiasti morimondini un diploma di protezione che garantì la loro incolumità durante la sua quarta discesa in Italia. Le concessioni del Barbarossa permisero a Morimondo un'ascesa economica che durò oltre tre secoli. Altri storici personaggi, oltre al "Barbarossa", tennero in considerazione o soggiornarono presso Morimondo: Federico II, l'abate Oddone, San Lanfranco di Pavia, il re di Francia Filippo III l'Ardito, il papa Gregorio X, San Bonaventura da Bagnoregio, il cardinale Giovanni Lorenzo de Medici.
Dalla fine del XV secolo si sviluppò in Europa il sistema della Commenda. Questa nuova istituzione nacque con l'intento di preservare e migliorare le comunità religiose e i luoghi di culto. Di fatto, la Commenda prevedeva la sostituzione dell'abate che governava il monastero con un abate fittizio, il quale lo gestiva e lo lasciava in eredità a un suo successore. Ovviamente i beni di proprietà del monastero attirarono molti predendenti. La Commenda provocò il lento declino dell'abbazia di Morimondo che si protrasse fino ai giorni nostri. L'opera della Fondazione Abbatia Sancte Marie de Morimundo, costituita nel 1994, ha permesso di recuperare il patrimonio artistico e architettonico proprio dell'abbazia.