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L'antico borgo di Fagnano sorge nelle immediate vicinanze di Gaggiano al confine con il territorio di Cisliano. Le sue origini sono molto antiche, si parla addirittura del 200 d.C., anche se è solo dopo la costruzione della Chiesa di Sant'Andrea nel XI sec. che il borgo inizia a svilupparsi. Sorgono corti rurali e palazzi gentilizi, come il Palazzo Medici, che si affacciano sulla piazzetta. Il palazzo conserva il suo antico portale ad arco ribassato sormontato dallo stemma in pietra.
Alcune vicende del borgo risultano curiose. A partire dal periodo Napoleonico, una serie di spostamenti, annessioni e soppressioni caratterizzano la vita di Fagnano. Nel 1809 con un documento ufficiale del governo di Napoleone viene annesso a Fagnano il comune di Cascina di Donato del Conte, da poco soppresso. Stessa sorte che spetta a Fagnano nel 1811 quando il comune viene soppresso e sottoposto all'amministrazione comunale di Gaggiano.
Nuove modifiche intervengono successivamente con lo spostamento sotto la provincia di Pavia, a causa del ritorno degli austriaci, e incorporando nuovamente Cassina di Donato del Conte nel 1853. Nel 1859 torna sotto la provincia di Milano e nel 1862 il nome muta in Fagnano sul Naviglio per distinguerlo da altri comuni omonimi. Essendo intervenuta l'unità d'Italia, un regio decreto di Vittorio Emanuele II datato 7 marzo 1869 sciolse definitivamente il comune, annettendolo per sempre a Gaggiano.
Il borgo è inserito nell'elenco degli itinerari della Via Lattea promossa dal FAI.